U nang buồng trứng được phân loại dựa theo 3 đặc tính:

Theo tích chất khối u

Khối u đặc hay u chứa dịch (dịch trong hoặc dịch nhày…). Siêu âm có thể cho biết được điều này.

Theo kích thước hay hình dạng khối u

Một khối u nhỏ thường gợi ý là do cơ năng (nghĩa là do thay đổi sinh lý trong cơ thể) nên cơ thể sẽ tự điều chỉnh. U nang buồng trứng cơ năng còn được gọi là nang cơ năng buồng trứng.

Theo bản chất lành hay ác tính

U ác tính ý chỉ ung thư buồng trứng, loại này có thể phát triển từ mô buồng trứng hay do di căn từ các cơ quan khác trong ổ bụng (ung thư buồng trứng do di căn).

Tuy nhiên, thăm khám hay làm xét nghiệm không thể xác định được khối u nào là lành tính hay ác tính. Tính chất lành/ác chỉ có thể được nhận biết sau khi phẫu thuật và lấy khối u đem đi xét nghiệm giải phẫu bệnh (dân gian hay gọi nôm na là "thử thịt"). Một khối u phát triển nhanh, gây ảnh hưởng nhiều đối với sức khỏe có thể gợi ý đến ung thư.